財政部訂定「海關執行商標權益保護措施實施辦法」，針對海關執行商標權益保護措施、權利人申請檢視查扣物、申請提供侵權貨物相關資訊及申請調借貨樣等，規範相關作業程序、應備文件及其他應遵循事項，即起上路。

財政部關政司表示，商標權人檢舉特定進出口貨物侵害其商標權，商標權人及進出口人應配合辦理事項、應提出之資料及海關應辦理之作業程序等，如：商標權人檢舉應提供侵權事實、進出口廠商名稱、貨名及商標註冊證明文件等具體資料；商標權人對於空運出口貨物之檢舉案件應於四小時內赴海關進行認定，空運進口及海運進出口則於二十四小時內；商標權人及進出口人應於三個工作日內分別提出侵權事證及授權證明；及證明提出後海關應辦理之程序及無法依限提出證明之處理等。

商標權人依商標法第七十六條規定申請提供相關資料，應檢附商標註冊證明文件、侵權事證及聲明資料僅限於侵害商標權案件調查及提起訴訟使用之切結書，經海關審核同意後，得以書面提供進出口人、收發貨人之姓名或名稱、地址及疑似侵權物品之數量。

商標權人依商標法第七十七條規定向海關申請調借貨樣，以進出口貨物於現場進行侵權認定困難等特殊原因經海關同意者為限，並應檢附商標註冊證明文件、侵權事證及聲明資料僅限於侵害商標權案件調查及提起訴訟使用之切結書。

商標權人提示、其他機關通報及海關主動發現進出口貨物有侵害商標權之嫌時，海關應執行之保護措施原則準用上述商標權人檢舉之相關規定。依商標法第七十六條規定申請檢視查扣物，商標權人或進出口人申請檢視查扣物應以書面向貨物進出口地海關為之，並應依海關指定之時間、處所及方法。

海關依商標法第七十五條實施商標權保護措施之四種情形為：1.商標權人檢舉特定進出口貨物侵害其商標權；2.商標權人提示非特定進出口貨物有侵害其商標權之嫌；3.其他機關通報進出口貨物有侵害商標權之嫌；4.海關主動發現進出口貨物外觀顯有侵害商標權之嫌。